A EFER da atualidade é resultado de um esforço contínuo e amadurecimento de uma política de formação continuada no município do Recife que teve início com a atuação dos docentes da rede municipal ainda no final dos anos 1980, diante do processo de redemocratização do Brasil e, consequentemente, da Educação. Mas foi durante os anos 2000 que a formação continuada dos educadores e educadoras do Recife passaram a ocorrer de forma mais sistematizada, com encontros periódicos na Universidade Federal de Pernambuco com a atuação dos docentes da universidade em parceria com a Secretaria de Educação do Recife. Entre 2008 e 2011as formações passaram a ocorrer no Centro de Treinamento da Secretaria de Educação do Recife, localizado no bairro dos Coelhos, quando as formações eram realizadas pelas gerências dos ciclos de aprendizagem do Ensino Fundamental.

  Foi no ano de 2012 que as formações continuadas passaram a ser realizadas no então Centro de Formação e Aperfeiçoamento de Educadores Professor Paulo Freire; através de uma parceria entre o Instituto Qualidade de Ensino (IQE) e a Secretaria de Educação do Recife, o trabalho de formação continuada se fortaleceu e as equipes de formadores e formadoras começaram a ser constituídas a partir de professores e professoras da rede municipal do Recife com função de concentrarem suas atividades essencialmente no trabalho formativo. Mas o grande salto da EFER se deu no ano de 2014 quando, através do decreto nº 28.480 de 24 de dezembro desse ano, foi instituída a Escola de Formação de Educadores do Recife Professor Paulo Freire, e em 2015 foi elaborada e publicada a Política de Ensino do Recife e constituída a Política de Formação de Educadores do Recife. Desde lá os projetos de formação continuada passaram a ser elaborados a partir da política de ensino da rede municipal do Recife, dos estudos aprofundados das equipes envolvidas, que dialogaram com a produção acadêmica consolidada sobre o tema e com os profissionais da Educação do Recife, que acrescentaram as suas experiências e necessidades. Sendo assim, a atual EFER é fruto do desejo e ações políticas, do aprofundamento dos estudos e das trocas de experiências dos diversos profissionais da Educação da rede municipal do Recife. A EFER é composta por uma equipe gestora, coordenações das equipes de formação, equipe de formação pedagógica, núcleo administrativo, equipe de infraestrutura, biblioteca Clarice Lispector e acervo documental da rede Municipal de ensino do Recife. Além disso, a EFER ainda conta com os grupo de trabalho em educação para as relações étnico-raciais e estudos de gênero e sexualidade em Educação. A Escola de Formação de Educadores do Recife Professor Paulo Freire tem uma área construída de 3.005,41 m2, distribuídos em dois pavimentos e os seguintes espaços para ações formativas: dois auditórios (Dom Hélder Câmara e Luiz Gonzaga), cinco salas de 30 lugares, uma sala de dinâmica com capacidade para 50 pessoas, duas salas no pavimento superior com capacidade para 20 pessoas em cada uma, laboratório de informática e sala para reuniões. Nas suas instalações também está o Polo de apoio presencial da Universidade Aberta do Brasil (UAB) , que atende aos estudantes da educação a distância dos cursos de graduação e pós-graduação das universidades federais e estaduais.